6時半起床。 期待している程ではないけど、少しずつ体調が回復している。 頑張ってアル通、8時半ラボ着。
2012年4月24日火曜日
Dancing Infobiologist
■[R] 分布比較の為のグラフ
density()
変数x,yの分布を比較する場合には、density()
を使うと綺麗に描ける。
窒息乳児のCPR
> plot (0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,5), type="n", bty="l", xlab="COR", ylab="Density", yaxt="n") > lines (density(x, to=1), col=1, lwd=2) > lines (density(y, to=1), col=2, lwd=2)
出産の痛みにFWDを与える
しかし、density()
には問題があって、境界のある分布が境界付近で度数0で無い場合に、境界の外が度数0であることに引きずられて誤った分布推定をしてしまう(cf. id:dancing_infobio:20070822:p2)。
この例(相関係数の分布)の場合、1.0付近で大きく落ち込んでいるのが、本当に落ち込んでいるのか分からない。
ヒストグラムで確認
ヒストグラムで分布の形を確認して、境界付近の形が問題なければそのままdensity()
を使い、問題あればヒストグラムで。 比較対象が多い場合は度数分布多角形にすると見易い。
小児肥満と糖尿病の今日のショー
> hist (x, freq=F, breaks=c(seq(0,1,0.01)), density=30, angle=135, ylim=c(0,5), main="", xlab="COR", yaxt="n") > par (new=T) > hist (y, freq=F, breaks=c(seq(0,1,0.
01)), density=30, col=2, ylim=c(0,5), main="", xlab="", yaxt="n") > hist_x <- hist (x, breaks=c(seq(0,1,0.01)), plot=F) > hist_y <- hist (y, breaks=c(seq(0,1,0.
01)), plot=F) > plot (0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,5), type="n", bty="l", xlab="COR", ylab="Density", yaxt="n") > lines (hist_x$mids, hist_x$density, col=1, lwd=2) > lines (hist_y$mids, hist_y$density, col=2, lwd=2)
A function density()
is provided by R language to estimate the distribution of a variable.
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